Doctorat en Sciences - Ecologie et biologie moléculaire - Université française du Pacifique (Polynésie française), 215 p.

Abstract

Les dinoflagellés symbiotiques sont des algues unicellulaires en association avec des coraux. Cette symbiose est nécessaire à la vie et à la croissance des communautés récifales.

La diversité des dinoflagellés symbiotiques de sept espèces de coraux, Fungia scutaria, Fungia paumotensis, Leptastrea tranversa, Pavona cactus, Montastrea curta et Acropora formosa, est étudiée dans un lieu géographique restreint (lagon de Arue à Tahiti). Les dinoflagellés symbiotiques étant difficilement cultivables, leur diversité est appréciée à partir du gène codant pour la petite sous-unité ribosomale, ADNr 18S.

Après amplification directe de l'ADNr 18S des dinoflagellés symbiotiques (DS), la méthode des RFLP avec des enzymes de restriction, Sau3AI, HhaI et TaqI, a été employée et cinq profils de restriction combinés sont obtenus. Après clonage, 41 nouveaux profils de restriction combinés sont obtenus.

La présence de plusieurs classes de l'ADNr 18S est démontrée pour la souche de culture de dinoflagellés isolés du corail Galaxea fascicularis. La variabilité des profils obtenus pour les échantillons de DS est due à la présence de ces différentes classes, à la présence d'artefacts (molécules chimères) et parfopis à la présence de plusieurs dinoflagellés dans une espèce de corail. Les coraux Fungia paumotensis, Leptastrea transversa, Pavona cactus, Montastrea curta et Acropora formosa, semblent contenir un génogroupe de DS. Les espèces de coraux Pocillopora verrucosa et Fungia scutaria semblent contenir respectivement deux et trois génogroupes de DS. La comparaison des profils de restriction avec les cartes de restriction, déduites des séquences publiées, met en évidence l'originalité des séquences des DS des coraux Montastrea curta et Pocillopora verrucosa.

La méthode des RFLP a permis de mettre en évidence une certaine diversité des séquences des DS présents dans les coraux, sans préciser s'il s'agit de souches, d'espèces ou de genre et c'est une méthode simple et rapide, facilement applicable à un grand nombre d'échantillons.

Le séquençage de 26 séquences de l'ADNr 18S des échantillons de dinoflagellés symbiotiques a été réalisé et toutes les séquences sont originales. Les pourcentages de similarités, les signatures et l'analyse phylogénétique des séquences montrent que nos échantillons de dinoflagellés symbiotiques appartiennent au genre Symbiodinium et qu'ils correspondent au moins à six souches et trois nouvelles espèces.Le niveau taxonomique des séquences de l'ADNr 18S n'étant pas toujours déterminé, six phylogroupes Symbiodinium ont été définis. Les coraux Leptastrea transversa, Montastrea curta et Galaxea fascicularis contiennent respectivement les phylogroupes Symbiodinium I, IV et VI. Les espèces de coraux Pavona cactus et Pocillopora verrucosa contiennent les phylogroupes Symbiodinium I et II. L'espèce de corail Fungia paumotensis contient les phylogroupes Symbiodinium I et III. Les espèces de coraux Fungia scutaria et Acropora formosa contiennent les phylogroupes Symbiodinium I et V.

L'analyse des séquences a permis de définir des phylogroupes Symbiodinium  et de préciser la diversité des dinoflagellés symbiotiques dans les coraux du lagon de Arue, Tahiti.

Dans un même lieu géographique, une espèce de corail s'associe à un ou plusieurs phylogroupe Symbiodinium et un même phylogroupe Symbiodinium peut s'associer à différentes espèces de coraux, suggérant la possibilité d'échanges de DS dans ce lieu géographique.