Créé en 1984 avec pour objectif l’évaluation de la situation des maladies émergentes en Polynésie française, l’actuel Laboratoire de recherche en virologie médicale (LVM) s’est rapidement focalisé sur le virus de la dengue. Les activités de recherche ont ensuite évolué, en fonction des préoccupations de Santé publique du Pays et en complémentarité avec les avancées scientifiques et technologiques apportées dans le domaine de la recherche sur la dengue et les autres arbovirus.

La dengue en Polynésie française

En Polynésie française, les plus lointaines épidémies de « dengue probable » datent du XIX^ème siècle. Depuis la première dont le sérotype a été clairement identifié (DEN1 en 1944), onze épidémies de dengue causées par l’un des quatre sérotypes se sont succédé dans le Pays.

De février à novembre 2001, la Polynésie française a connu une importante épidémie de DEN1, celle-ci a été la cause de près de 1400 hospitalisations et huit décès, chez des enfants de 18 mois à 13 ans (Hubert, 2002). A l’issue de l’épidémie, le virus DEN1 a continué à circuler avec une faible incidence jusqu’au début de l’année 2006, où une recrudescence des cas de dengue a été observée. Une nouvelle épidémie de DEN1 a émergé en juillet 2006 et s’est étendue jusqu’en septembre 2007 (Wiegandt, 2007). Quelques cas sporadiques de DEN1 sont encore diagnostiqués actuellement.

Les recherches sur la dengue au LVM

Les années 1980

Historiquement, les premières activités de recherche sur la dengue ont été consacrées au développement d’outils et à la réalisation du diagnostic et de la surveillance. Dans la période ayant précédé la création du Laboratoire de virologie, l’Institut a mis en place un certain nombre de techniques de diagnostic de la dengue, notamment l’IFI (immunoflorescence indirecte) sur tête de moustiques inoculés par voie intra-thoracique avec le sérum de patients et la recherche d’anticorps anti-dengue par IHA (Inhibition de l’hémagglutination).

A sa création, et sous la responsabilité du Dr E. Chungue, le Laboratoire de virologie a mis en place le diagnostic et le sérotypage du virus de la dengue par isolement viral sur culture cellulaire. Le laboratoire a également travaillé au développement de tests ELISA-IgM* et ELISA-IgG pour la détection des anticorps anti-dengue. Parallèlement, un modèle mathématique permettant de fixer un seuil d’alerte épidémiologique, basé sur le nombre hebdomadaire de demandes de confirmations de diagnostic comme indicateur d’activité, a été proposé.

* Ce test ELISA-IgM sera utilisé au laboratoire pour le diagnostic de la dengue jusqu’au transfert de l’activité IgM-dengue au LABM, début 2004.

Culture cellulaire

Les années 1990

Au début des années 90, Le Laboratoire de virologie, devenu Unité de recherche de virologie, a acquis de nouveaux outils de biologie moléculaire. Outre la mise en place d’une RT-PCR nichée* pour le diagnostic et le typage de la dengue, un test de F-ELISA pour la détection des antigènes viraux a été développé.

L’acquisition des outils de biologie moléculaire a marqué le début des programmes de recherche en épidémiologie moléculaire sur la dengue, avec notamment la caractérisation génétique et biologique de virus DEN3 par séquençage manuel. Ces programmes s’intensifieront ensuite avec l’acquisition d’un séquenceur automatique en 1998.

C’est au cours de ces années qu’ont été menées les premières études explorant conjointement les aspects virologiques, cliniques et biologiques des cas de dengue. Parallèlement, différentes approches pour l’étude de la pathogenèse des formes sévères de dengue ont été menées. Ces travaux, initiés par le Dr E. Chungue, ont été poursuivis en grande partie par le Dr B. Murgue, notamment les études ayant conduit à suggérer le rôle de facteurs hématosuppressifs sur la perturbation de l’hématopoïèse au cours de l’infection. Le Dr B. Murgue a assuré la responsabilité de l’Unité à partir de 1999.

* Cette technique restera jusqu’en 2007 l’unique outil de biologie moléculaire pour le diagnostic précoce et le typage de la dengue.

Analyseur génétique Gel d'électrophorèse

Les années 2000

Les années 2000 ont été marquées par l’attribution progressive des activités de diagnostic et de surveillance sur la dengue au Laboratoire d'analyses de biologie médicale (LABM). Par ailleurs, l’Unité de recherche de virologie a été renommée Laboratoire de recherche en virologie médicale en 2002.

A la fin de l’année 2000, le Dr M. Laille a pris la responsabilité du Laboratoire jusqu'en 2005. L’année suivante a été marquée par une importante épidémie de DEN1 et l’essentiel des activités du laboratoire a été consacré au diagnostic. Les travaux d’épidémiologie moléculaire amorcés à la fin des années 90 se sont ensuite poursuivis, et une nouvelle étude portant sur l’épidémie de 2001 a été menée. Deux nouvelles thématiques de recherche ont été initiées, la recherche de substances à activité antivirale issues de la flore endémique de Polynésie française et l’étude des interactions moléculaires entre le virus de la dengue et les protéines de glandes salivaires de moustiques vecteurs.

Depuis sa création et jusqu’en 2004, le laboratoire a assuré conjointement les activités de recherche et les activités de diagnostic et de surveillance de la dengue. Ces dernières ont été progressivement prises en charge par le LABM (le diagnostic IgM dengue en 2004, l’isolement viral en 2005, puis la RT-PCR et la surveillance en 2006). Le Laboratoire de recherche continue cependant à travailler au développement et à l’amélioration d’outils de diagnostic et de surveillance. En outre, plusieurs de ses programmes sont menés en collaboration avec le LABM.

Analyse des séquences génétiques

Les orientations de recherche actuelles du LVM

L’épidémiologie moléculaire et les études génétiques du virus de la dengue restent des thématiques de recherche majeures du laboratoire. Au-delà de la Polynésie française, un nouveau programme, mené en collaboration avec d’autres acteurs de la recherche sur la dengue dans le Pacifique Sud, tend à une meilleure compréhension des facteurs et des événements caractérisant l’épidémiologie de la dengue dans la région. Parallèlement, les études génétiques virales destinées à identifier des marqueurs de virulence sur différents génotypes de DEN3 se poursuivent. Enfin, de nouveaux programmes sont consacrés à l’étude de l’évolution génétique du virus de la dengue au niveau inter-hôte dans le contexte polynésien et intra-hôte chez le patient, le vecteur ou sur des modèles cellulaires du cycle de transmission.

Plusieurs études ayant démontré que les interactions entre les pathogènes transmis par les insectes, la salive des vecteurs et les agents de la réponse immunitaire de l’hôte, pouvaient jouer un rôle majeur sur l’établissement de l’infection, l’étude des interactions moléculaires « virus de la dengue/moustique/hôte » se poursuit avec la caractérisation des protéines se liant au virus dans les glandes salivaires du moustique.

Dans la continuité des objectifs qui ont été à l’origine de sa création, le laboratoire mène actuellement un programme destiné à la mise en place d’outils moléculaires pour la détection du virus de la dengue et autres arbovirus chez les patients et les vecteurs. Parallèlement ce programme prévoit la réalisation d’une étude de séroprévalence pour différents arbovirus sur un échantillon de population des cinq archipels de Polynésie française. Cette étude doit contribuer à la mise en place d’une surveillance proactive de la dengue et des arbovirus à risque épidémiologique pour le territoire.

Les études sur la pathogenèse de la dengue ont repris dans le cadre d’un programme consacré au rôle de l’immunité cellulaire mémoire anti-dengue sur l’apparition des formes sévères.